首先，他们的保护内容不同。软件著作权保护软件的表现形式如代码和界面设计，而专利保护的是技术的功能和性能。
其次保护条件也不同。软件著作权如果具备原创性就可以进行申请，而专利需要满足新颖性、创造性和实用性这三个条件。
还有保护期限的不同，软著著作权人如果是自然人的话，保护期限为终生加上50 年；而专利的保护期限要短一些，发明专利是20 年，实用新型专利是10 年，外观设计专利是15年。